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通过光学显微镜和扫描电镜的观察，了解到皱马鞍菌的子囊盘（菌盖）是由子实层、囊层基、囊盘被３个部分组成。其子实层是由子囊和侧丝镶嵌排列组成。前者呈圆筒形、具柄，内含８个椭圆形的、外壁具网纹的、单行排列的子囊孢子。顶端不增厚，无顶端装置，但具纵裂缝，成熟的子囊孢子由裂缝散发出来；后者细长，具横隔，由多细胞组成。在子实层排列中，其顶端膨大部分超过了子囊的高度，聚集形成假囊层被。其囊层基位于子实层与囊盘被