【摘 要】
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目的 建立一套新的亚型鉴定方法,仅仅使用巢式PCR,一次扩增,即可对我国HIV-1主要流行株B、C和CRF01-AE进行亚型鉴定.方法从HIV阳性样本中提取核酸,使用能覆盖HIV-1型M组gag区的引物进行第一轮扩增,第二轮扩增则使用分别检测B、C、CRF01-AE亚型的三套特异性引物进行扩增,三套引物放在同一个反应管中.反应产物经琼脂糖电泳后观察,不同亚型的位置不同,以此来判断亚型.另外设计一套
【机 构】
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100050,北京,中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防与控制中心病毒免疫室,广西医科大学公共卫生学院流行病教研室副教授,华中科技大学同济医学院公共卫生学院在读博士生,100050,北京,中国疾病预防控
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目的 建立一套新的亚型鉴定方法,仅仅使用巢式PCR,一次扩增,即可对我国HIV-1主要流行株B、C和CRF01-AE进行亚型鉴定.方法从HIV阳性样本中提取核酸,使用能覆盖HIV-1型M组gag区的引物进行第一轮扩增,第二轮扩增则使用分别检测B、C、CRF01-AE亚型的三套特异性引物进行扩增,三套引物放在同一个反应管中.反应产物经琼脂糖电泳后观察,不同亚型的位置不同,以此来判断亚型.另外设计一套引物,专门检测我国重组株CRF07-BC和CRF08-BC.所有样品均经过基因测序、系统进化树分析,以进行结果验证.结果在检测的119份样品中,经基因测序和系统进化树分析证实B亚型样品43份(欧美B 11份,泰国B 32份),C、CRF01-AE、A和D亚型样品分别为54份、17份、3份和2份.其中C亚型的样品,有52份属于CRF07-BC和CRF08-BC.而经过上述多重巢式FCR方法检测到的B亚型样品为35份(81.4%),C亚型46份(85.2%)和CRF01-AE 13份(76.5%).另外,检测CRF07-BC和CRF08-BC重组株的引物特异性地检测到43份(82.7%)样品.上述结果与基因分析结果吻合,各个亚型之间无交叉,一种亚型的特异性引物只对该亚型有反应,而对其他亚型无反应,特异性达到100%.虽然有时会有非特异扩增带,但一般不影响结果判断.结论我们建立了一套简单快速的HIV-1亚型鉴定方法,不需基因测序,即可检测我国主要流行株B、C、CRF01-AE、CRF07-BC和CRF08-BC.该方法具有高度特异性和敏感性,可以作为初筛方法在我国及其他国家HIV-1实验室推广使用。
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