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本文在利用Bootstrap-DEA技术测度1999~2009年全国31个省份农业信贷效率的基础上,以2003年新一轮农村信用社改革启动为界,通过分时段Tobit模型分析中国农业信贷效率影响因素,并提出针对性的政策建议。研究发现,1999~2009年农业信贷效率值总体维持在较为稳定的水平,但在2003年前后存在较为明显的波动;Bootstrap-DEA技术具有较好的纠偏效能和精确度,经Bootstrap纠偏后的全国平均农业信贷效率显著下降0.0568个单位;不同历史时期、不同经济社会环境背景下农业信贷效率影响因素呈现多样性。