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新形势下军工科研院所分类改革正在积极稳妥的推进中，以科研生产为主的军工科研院所的转制改革目标明确，就是要推行企业化转制，并逐步完善现代企业制度。本文分析了完善现代企业制度的重要意义，针对现阶段军工科研院所的企业制度建设问题，梳理了当前军工科研院所的企业制度特征及其特殊性。并就以科研生产为主业的军工科研院所企业化转制过程中如何完善现代企业制度问题，着重对企业法人治理结构、核心竞争力和内部科学管理问题进行阐述。