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根据绍兴市上虞区湿地类型的多样性及分布特点,划分为三个湿地保护功能区,并分区对不同类型湿地提出了保护和利用的重点。北部近海与海岸围垦湿地区主要为滨海湿地,通过减少过度围垦、加强鸟类栖息地重建、控制养殖塘污水等措施进行保护;中部平原河网湿地区包括中东部平原,以河流、输水河、养殖塘等为主,主要通过各类面源污染整治工程进行治理;南部丘陵河谷湿地区主要包括西南部低山丘陵及水库湿地,通过水源涵养林营建对湿地进行保护。