我国自然资源管理历经数十年，作为生态文明建设的助力剂，自然资源管理制度为中国的资源利用和保护起到了非常重要的保障作用，但在我国现行的自然资源管理制度中还存在着权利与责任主体缺失，领导与管理主体重叠等弊端，造成了自然资源所有权主体不明、确权边界模糊、产权保护力度不足等一系列问题。为了寻求解决问题的办法，本文依据产权理论，以“十四五规划和2035年远景目标纲要”为指导，从阐述我国自然资源管理制度变迁入手，借助“制度变迁-问题探讨-路径优化”的研究框架，运用庇古税、科斯定理、新制度经济学理论，定性分析了自然资源产权制度的优化方向。研究结果表明：1)我国自然资源管理制度的变迁呈现出了权属主体逐步明确，所有权与使用权分离的发展趋势。2)自然资源资产市场同为制度市场，政府作为市场的维系者，应当合理利用权力划定市场边界、制定市场规则。3)制度绩效通常多与政府和市场的双方博弈相关，为了促进产权绩效提升，产权制度需要围绕“归属-权责-保护-流转-监管”5大环节进行全面优化，从而构建起自然资源资产产权制度的整体闭环系统。经研究得出结论：为了进一步完善我国的自然资源产权制度，第一应当明确产权权属，依托具有监管效力的分级委托代理制度来实现法律主体上的产权清晰；第二应当厘清登记核算内容，搭建起自然资源资产信息管理平台，以精准把握“资产家底”，并利用生态保护补偿机制支持保护制度、加强保护力度、保障市场交易；第三应当通过市场化交易平台提升自然资源资产配置效率，推动资产存量到资本增量的转变；第四应当健全监督管理体系，通过全过程综合监管机制适当缩减政府权力清单，避免行政监管的垄断。