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[目的]了解楚雄州手足口病的病原体型别流行分布特征，为今后制定预防控制手足口病的防治策略提供依据。[方法]对2012年楚雄州各县（市）上送的手足口病临床诊断病例标本615份进行病毒核酸提取，采用荧光PCR法检测EV71和COXAl6。[结果]EV71和COXAl6阳性率分别为6．02％和48．29％，EV71和COXAl6构成比分别为11．08％和88．92％。[结论]楚雄州目前手足口病的主要病原是COXAl6和EV71还存在由其他肠道病毒引起的手足口病；手足口病易感人群为学龄前儿童；春夏季高发，发病高峰