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以某燃料电池发动机为原型，将神经网络辨识方法应用到其非线性系统的建模中．仿真结果表明，方法可行，建立的模型精度较高．在此模型的基础上，为了缩短发动机在常温启动时的暖机时间（升温至正常工作温度范围）和提高其输出功率以及在高温怠速加速时，保持其升温的平稳性和缩短达到额定输出功率的时间，将蚂蚁算法应用于发动机的优化控制问题．最后通过对模型的测试，采用蚂蚁算法优化后的控制方法基本达到了要求目标，与传统PID控制方法相比较，显示了其优越性．