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【目的】分析皇后姊妹系及其亲本进行遗传多样性和遗传关系,为哈密瓜遗传改良提供依据。【方法】利用12份材料的ISSR标记结果,进行非加权成对群算数平均和主成分分析。【结果】皇后姊妹系及其亲本的Nei基因多样性指数为0.37,Shannon信息指数为0.55。12份材料的JC遗传相似系数在0.23~0.91之间,平均值为0.58,亲本金黄与其他供试材料的JC值平均为0.28。除亲本金黄外,所有亲本材料和大部分皇后姊妹系被聚在类群Ⅰ内,类群Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ分别只有一份材料,与类群Ⅰ具有一定的遗传距离。亲本金黄遗传差异