1937年7月抗日战争爆发后，时任南京国民政府立法委员兼财政经济委员会委员长的著名经济学家马寅初，应邀参加国民政府在江西庐山召开的战时经济座谈会，他就战时财政经济问题，提出了稳定法币币值，禁止私人套购外汇和避免资金外流，以适应抗战需要的意见。由于战争失利，他携带妻儿经汉口向重庆转移。沿途目睹国民党军队在南京大撤退中溃不成军，一片混乱和老百姓流离失所的情景。他1938年抵达重庆后，看见抗战后方，物价上涨，法币贬值，政府又突然降低法币对美元的比价，物价犹如脱缰之马，市场一片混乱，而蒋、宋、孔、陈“四大家族”却凭借自己的权力，抢购美钞、黄金，大发国难财。马寅初目睹这一切，愤怒不已。他撰写大量文章，在重庆以及香港等报刊上发表。同时他还在重庆大学、中央大学、陆军大学等处发表演讲，矛头直指发国难财的官僚。1939年秋天，他在“中国经济学社”年会上，当面责问重庆国民政府财政部长孔祥熙，“为什么没有设法稳定币值，制止物价上涨，反而推波助澜，促使财政大紊乱?”“为什么造成机会让那些洞悉内情的人，一夕之间都发了财?”弄得孔祥熙哑口无言，十分狼狈。
　　1939年在国民政府立法院会议上，马寅初提出向发国难财者征收“临时财产税”的议案，他大声疾呼要切实解决战时财政经济问题，必须向他们开刀，开征临时财产税和过分利得税。1940年初春，他应邀到重庆歌乐山陆军大学为将官班学员讲演，要求将孔、宋撤职，把他们的不义之财拿出来充作抗日经费。会场里不时爆发出阵阵掌声，演讲结束时，掌声经久不息。
　　1940年11月10日，马寅初应黄炎培主办的中华职业教育社邀请，携妻儿去实验剧场演讲。重庆市民闻讯纷纷赶到，会场里座无虚席。马寅初照例不带讲稿，他一登上讲台，劈头就说：“如今国难当头，人民大众是有钱出钱，有力出力，浴血奋战。但是那些豪门权贵，却趁机大发国难财。前方吃紧，后方紧吃，真是天良丧尽，丧尽天良!”他还说：“今天我的儿女也未了，我的讲话就算是对他们留下的一份遗嘱!”“为了抗战，多少武人死于前方，我们文人也要不惜死于后方。”他还警告在场的宪兵、警察说：“站在后边的宪兵警察们，你们要逮捕我马寅初吗，那就请耐心一点，等我讲完再下手不迟!”他的话赢得了全场雷鸣般的掌声。他讲完后，大批听众簇拥在他的身边，护送他离开剧场，把他全家送上回沙坪坝的汽车。
　　蒋介石企图把马寅初挤出立法院，特派他赴美考察。马寅初洞察其奸，毅然表示“当此国难之际，决不离开祖国”，声明“一不出国；二不买卖黄金美钞；三要逐渐脱离立法院，以保留自己的发言权”。
　　蒋介石集团对马寅初又恨又怕。1940年初秋，国民党军事委员会委员长侍从室通知重庆大学校长叶元龙去见蒋介石，一见面，蒋就怒气冲冲地说：“你真糊涂，你怎么可以请马寅初当院长?你知道他在外边骂行政院长孔祥熙吗?他骂孔祥熙就是骂我。”命叶元龙陪马寅初去见他。叶托人转告了马寅初。马听了很愤慨，说：“叶元龙陪我去见蒋介石，我不去!要我去，除非宪兵来请。”几天后，国民党中央银行会计处长奉孔祥熙之命，敦请马寅初出任财政部次长或担任全国禁烟总监，并说这是捞钱的肥缺。马寅初得知后火冒三丈，认为这是对他的污辱。他痛骂孔祥熙卑鄙无耻，表示要将此事公诸于众，会计处长碰了一鼻子灰，只得扫兴而归。
　　1940年12月6日中午，马寅初上完课回家正吃午饭，国党宪兵十二团姓吴的团长带领十几个宪兵突然闯进马家，说奉最高当局的命令，请马先生去谈话。马寅初心中明白，便放下碗筷，毫不犹豫地跟着他们从重庆大学到小龙坎，登上汽车进了城。当晚被禁闭在重庆莲花池前街吴团长家里。这天下午家属不见马寅初回来，立即找到宪兵团长家中，吴避而不谈真相，推说已经押解到重庆南岸去了。第二天，国民党《中央日报》刊登消息，谎称：“马寅初派赴前方研究战区经济状况。”
　　蒋介石为了制造马寅初已派赴前方考察经济的假象，于12月8日在重庆大学安排了一次“话别会”。当天上午，马寅初在宪兵团长和一群装扮成学生模样的便衣特务的监护下回到重庆大学。师生们闻讯，蜂拥而至，坐满了整个理学院礼堂。在“话别会”上，马先生不改初衷，他说“不除宋美龄，不杀孔祥熙、宋子文，国势即不可挽回。”一席话，急坏了宪兵团长，连忙上前制止：“马先生奉命调上前方考察绎济，现在时间不早了，我们动身走吧。”想把马寅初强行带出会场。师生们立即发出“马先生不能走”、“请马先生讲下去”的呼声。会议主席又急忙安排集体合影。集体合影后，马寅初离开学校，两千多师生筑起一夹道人墙，目送马寅初离去。当他路过家门时，还回家拿出一本关文书来交给银保系主任丁洪范教授，并面向师生大声说“抽资本税不是我马寅初发明的，第一次世界大战时英国就实行过。对豪门巨室，抽其财产税，是理所当然!我走以后，还望你们多多研究，坚持下去。”许多同学含泪送别。
　　马寅初被捕后，先被押解到贵州省息烽集中营，囚在山顶上一间孤零零的草房里，监管他的有几个副官和宪兵。起初不许他看书报，不准写信。马寅初常给副官和宪兵们的讲经济学，讲四大家族的腐败，渐渐得到副官和宪兵们的同情，准许他看书看报，给家人写信。在关押8个月之后，1941年8月，马寅初被押往江西上饶集中营，被囚禁在一个小院落里，连散步的自由也没有。一年后，他又被押解到桂林。
　　马寅初被捕的消息传遍了整个重庆山城。中共中央对此尤为关注。12月29日延安《新中华报》发表了《要求政府保障人权释放马寅初》的社论，还发表了署名文章《马寅初教授被捕经过》。重庆《新华日报》和其他中外报纸都发表了消息。中共代表团还在国民参政会和国共两党谈判中多次提出无条件释放马寅初教授的要求。一些知名人士也出面营救马寅初。邹韬奋在香港撰文《万方感念马寅初先生》。黄炎培写信给政治部部长兼三民主义青年团中央书记长张治中，要求释放马寅初先生。冯玉祥将军也出面营救。
　　重庆大学的师生为营救马寅初，秘密串联各学校，准备到行政院请愿，要求释放马院长。
　　1941年1日历五月初九是马寅初六十寿辰。重庆大学商学院学生决定提前举行祝寿大会，声援马寅初。他们3月22日在重庆《大公报》和《新民报》刊登祝寿启事。《新民报》把“庆祝”改为“遥祝”，暗示马寅初已被捕不在重庆。《新华同报》也刊登祝寿消息。对此，蒋介石十分恼怒，命侍从室主任陈布雷草拟“手渝”，制止开祝寿会。教育部长和校长也奉命出而制止。3月30日，学校下令将大礼堂和几个大教室上锁、停电。下午；学生们不顾一切，临时打开一间大教室布置成寿堂，四壁挂满了各方送来的寿联、寿幛。周恩来、董必武、邓颖超合送了寿联。祝寿会气氛热烈，前来参加的有沈钧儒、邹韬奋、张西曼等知名人士。会上众口称赞马寅初敢怒敢言、正气浩然的高贵品格，可是官方不许各报报道。《新华日报》存头版刊出启事“本报纪念马寅初先生六十寿辰之稿二篇奉命免登。”
　　1941年3月，美国总统罗斯福派经济专家居早来中国谈判经济问题。居里要求会见他的同学马寅初，被蒋介石托辞回绝。同年7月，居里再度来华，再次要见马寅初，又遭官方拒绝。
　　1942年8月23日，蒋介石迫于国内外舆论的压力，将马寅初押回重庆释放，恢复了他的人身自由。