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财政国库支付制度变迁存在成本没有合理转移的问题，制度变迁的成本主要有资金成本和管理成本，这些成本是变迁前提是由财政部门承担，变迁后由财政部门，主管部门，建设单位和用款单位共同承担。在零交易费用的情况下，成本可以通过市场方式自动地转移并形成最优承担状态。在正交易费用的情况下，成本不能通过市场方式自动地转移，从而导致成本承担方使用非市场方式弥补成本，而非市场方式配置资源的效率是十分低下的，为提高资源配置的效率，应尽量完善制度，降低交易费用，使用市场交易进行资源配置。