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DNA barcode是一段特殊的、可用于物种鉴定的DNA序列。目前在动物中最常用的DNA barcode是细胞色素c氧化酶1号基因（COI）的部分序列。随着标准数据库的建立，基于COI基因的DNAbarcode在动物分类学和生态学中得到了广泛应用。但是，采用COI基因作为DNAbarcode所隐含的涉及线粒体的进化历史、遗传特性和物种成种时间的默认前提，并非完全成立，由此引发了许多问题。本文阐述了基于COI基因的DNAbarcode对分类学和生态学的影响，目前存在的问题，以及可能的研究方向。