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取消高校二级学院行政级别是高校去行政化、推进现代大学制度建设和深化高等教育综合改革的必要之举。在改革过程中，取消二级学院行政级别需要采取辩证、系统的方法，协调好不同利益相关者间的矛盾关系。这是由大学组织结构的复杂性所决定的，也是由二级学院在大学组织结构中的中心地位所决定的。取消二级学院行政级别，优化大学治理结构，提升大学治理体系与治理能力的现代化水平，是加强高等教育内涵建设、实现高等教育强国理想的必要条件。