在生活中，有不少人把吗丁啉当作干酵母、胃蛋白酶等助消化药使用。其实，助消化药中含有多种消化酶的成分，主要适用于消化液分泌不足。而吗丁啉属于促胃肠动力药，是通过促进胃肠道蠕动来帮助消化的，适用于胃肠道本身动力不足的情况。
　　很多人认为吗丁啉帮助消化，所以要饭后吃。其实，吗丁啉最好在饭前半小时左右服用：一是有利于吸收，帮助胃消化和排空；二是服用吗丁啉后30分钟血液中的药物浓度是较高的，有利于药物发挥作用。但吗丁啉不宜久服，长期服用可能出现耐药性，同时有可能产生副作用。需要注意的是，吗丁啉在体内的代谢速度为七八个小时，如随意减少服药次数或是服药时间不规律，就很难充分发挥其正常疗效。不要在晚餐后，或者要睡觉了才去服药，容易影响睡眠。
　　在使用吗丁啉时，必须注意药物的配伍使用，否则会影响一些药物的疗效。如治疗溃疡病的胃舒平、氢氧化铝等抗酸剂，是用来中和胃酸的，需要在胃中停留较长时间，要求胃排空速度慢。若同用吗丁啉，会增加胃肠蠕动，从而缩短抗酸剂在胃中的停留时间而降低疗效。
　　甲氰咪胍、雷尼替丁等H2-受体阻滞剂具有抑制胃酸分泌的功效，但功效是否明显与剂量及该药在胃内停留时间密切相关。若与吗丁啉合用，必然减少其在胃内停留时间，从而影响Hsub<2->/sub受体阻滞剂的疗效。
　　阿托品等抗胆碱药能抑制胃蠕动，与吗丁啉促进胃蠕动的作用背道而驰，不能同服。胃蛋白酶只有在酸性条件下才作用最强，若与吗丁啉合用，由于后者增强胃蠕动，必然使胃蛋白酶迅速进入碱性环境的肠腔而难以发挥疗效。人们常用的胃复安，虽然和吗丁啉一样都能增强胃动力，但两者作用机制不同。若合用，会增加药物的副作用。
　　此外，硫糖铝有抗胃蛋白酶、抑制胃酸分泌及保护胃黏膜的作用，有利于改善溃疡症状和创面修复。若与吗丁啉配伍，其作用必然由于吗丁啉的胃动力作用而减弱。
　　吗丁啉是一种常用的治胃病的药，所以对于胃病患者来说，掌握吗丁啉的正确服用方法非常重要，尤其是晚上的服用方法一定要正确。有胃肠痉挛的患者禁用。
　　用药提醒鉴于吗丁啉与严重的心脏风险相关，欧洲药品管理局建议限用含吗丁啉的药物，且仅建议用吗丁啉来治疗恶心和呕吐，不再用来缓解腹胀、胃灼热等症状。2012年3月2日，加拿大卫生部曾发布致医疗专业人员的信，警告吗丁啉与严重室性心律失常和心源性猝死风险相关。