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为建立短乳杆菌天然质粒分类方法,通过质粒复制起始蛋白（replication initiation protein,Rep）进化树和基因组共线性分析,将短乳杆菌51个天然质粒可以准确、有效地划分为6个家族类型和11个亚家族类型,并在家族4质粒中发现了一种新的复制子类型。研究结果表明,质粒Rep进化树和基因组共线性分析都是短乳杆菌天然质粒有效的分类方法,分类结果为今后短乳杆菌天然质粒科学分类和理性应用提供了理论研究依据。