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目的：建立一种基于内部转录间隔区2（ITS2）序列突变位点鉴别建泽泻的焦磷酸测序方法。方法：分别提取建泽泻与川泽泻的须根、叶片、叶柄DNA，采用焦磷酸测序方法进行分析鉴定，并通过毛细管电泳测序验证方法的正确性。结果：建立了一种基于ITS 2序列焦磷酸测序鉴定方法，经毛细管电泳测序验证结果准确可靠。建泽泻ITS 2序列中的突变位点A—T的突变频率均不小于83％。结论：焦磷酸测序方法可以准确鉴定不同基源的泽泻物种。