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谷子是我国传统粮食作物,具有抗旱、耐瘠薄、营养价值高等优点,谷子的种质资源分析及育种研究非常重要,随着分子生物学的发展,分子标记技术的出现为谷子的遗传研究及育种开辟了新的思路和手段.分子标记包括DNA分子标记和蛋白质分子标记,其中DNA分子标记常被用于构建遗传连锁图谱、基因定位及QTL分析、遗传多样性研究、系谱分析与品种鉴定和比较基因组研究等,本文分别介绍了谷子常用的DNA分子标记和蛋白质分子标记及其特点,并综述了其在谷子上的研究应用情况,简要分析和展望了分子标记在谷子上的未来发展.