研究利用线粒体DNA(细胞色素b基因序列和D-loop区序列)序列对秦岭细鳞鲑(Brachymystax lenok tsinlingensis)野生群体和人工繁育群体的种群遗传结构进行了分析。结果表明,在86个个体扩增出的线粒体D-loop区730 bp片段中,A+T含量(63.5%)明显高于G+C含量(36.5%)。Cyt b基因序列扩增1141 bp,A+T含量(52.8%)明显高于G+C含量(47.2%)。野生群体43个个体共检测到18个单倍型,繁育群体43个个体中共检测到24个单倍型,两个群体共享8个单倍型;秦岭细鳞鲑野生群体的单倍型多样性和核苷酸多样性(h=0.907±0.026;π=0.00287±0.00074)低于繁育群体(h=0.917±0.035;π=0.00349±0.00083),AMOVA分析显示,98.37%的分子差异位于群体内,1.63%的分子差异位于群体间,两群体之间的遗传分化水平较低(Fst=0.01631,P=0.1075;Nm=30.16)。采用邻接法构建的系统发育树和单倍型网络图分析表明,各群体内的个体不形成单系群,两者之间互有交叉。总之,秦岭细鳞鲑野生群体与繁育群体之间基因交流充分,未出现遗传分化。