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二次发酵是双孢菇栽培中对培养料的处理再加工过程，一般在室内或棚内进行，通常也称为室内发酵或棚内发酵。培养料经过二次发酵，能够进一步将混合料内部的一切杂菌、害虫消灭；其次通过调节温度、空气、湿度等因素，促进蘑菇培养料进一步发酵转化，最终形成适合双孢菇生长的具有高度选择性的培养基质，利于菌丝健壮生长，能够明显提高单位面积产量，增产幅度可达20％-40％，显著提高菇农种菇经济效益。