鉴于中国民营企业创新主要依靠自有资金的特征现实,文章以企业内部资金为例,将内部资源不确定性纳入到现有的外部环境不确定性与企业创新研究框架中,探讨企业在不同内外部不确定性组合状况下的创新行为反应。理论矩阵模型揭示,内部资金资源不确定性对企业创新决策的影响超过外部环境不确定性,在企业创新行为选择过程中起主导作用,而且内部资金不确定性与企业创新之间存在着负相关关系。这一理论推论得到了企业微观调研数据的实证支持,并且相比国有企业,民营企业创新对内部资金资源的不稳定性更敏感。研究表明,政府激励民营企业创新的政策,当以稳定企业内部资源、提高企业收入帮助企业拥有稳定资金流为主要着力点,在具体政策工具上,税收减免比研发资助补贴等措施在激励企业研发、改变民营企业创新能力低动力不足方面更有效。