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目的 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测我国广东、福建地区2000～2001年手足口病(HFMD)散发病例中的肠道病毒71型(EV71),进而通过扩增VP1节段的核苷酸序列,进行毒株的种系进化分析. 方法以肠道病毒特异引物对EV-1、EV-2进行RT-PCR,经琼脂糖凝胶电泳鉴定为阳性的标本,进一步用EV71特异引物对159S、162A进行RT-PCR,扩增的VP1节段经纯化后与测序载体pGEM-T连接,转化大肠埃希菌DH5α,筛选后测序.所得序列与我国深圳、上海、武汉地区的EV71流行株,中国台湾1998年4例HFMD暴发分离的EV71毒株,及来自美国、日本、匈牙利等国家地区的EV71毒株的核苷酸序列,用ClustalX 1.8和PHYLIP 3.5进行比对分析,构建种系进化树. 结果 25份标本检测EV71的阳性率为20%,所得序列经种系进化分析,与肠道病毒71型的其他毒株同源,与深圳1998年HFMD散发分离的EV71毒株同源性为94%,与上海2000年HFMD暴发分离株同源性为94%～96%, 与武汉1987年HFMD病例中分离的毒株同源性为91%,而与国外EV71毒株同源性仅为82%～84%. 结论 EV71是我国南方地区HFMD的主要病原之一;我国大陆地区的EV71毒株在种系进化上有较高的同源性;与我国台湾地区大部分分离株亦有90%～91%的核苷酸同源性,但大陆EV71引起的HFMD发病症状较轻,有别于1998年台湾地区EV71的大暴发。