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高质量的蛋白样品制备是进行二维电泳的先决条件．棉花纤维中含有纤维素、多酚、多糖等严重干扰二维电泳的物质，增加了蛋白提取和二维电泳的难度．分别采用3种提取植物组织蛋白的方法（水法、酚法和尿素法），提取棉纤维总蛋白，进而进行了二维电泳分析．在蛋白产量、蛋白纯度和电泳图谱等方面对3种方法进行了比较，结果采用酚法提取的样品取得了较好的电泳图谱，有望成为从棉纤维样品中提取总蛋白的可选方法．