为揭示三峡支流细菌群落的多样性和分布特征,采用高通量16s r DNA测序技术,于2014年5月对大宁河和香溪河细菌进行调查研究,同时检测水环境因子。结果表明,大宁河和香溪河细菌种类丰富,共检出细菌和古生菌25门,其中比例最高的为变形菌门,占69.01%,放线菌门其次,占11.46%。变形菌门中,γ-变形菌最多,占该门类总数的35.22%,β-变形菌其次,为22.18%。细菌多样性指数Shannon指数平均为13.2,Simpson指数接近于0,Chao1指数平均为48 633 611.4,可见三峡支流的细菌种类极其多样。几种丰度较高的细菌在空间上具有不同的分布特征。统计分析显示对细菌组成与分布影响最显著的因子为总无机碳,其次是总有机碳、叶绿素,其它因子影响较小。放线菌、γ-变形菌、δ-变形菌和浮霉菌与总有机碳正相关。叶绿体纲细菌和叶绿素含量存在正相关,而变形菌、梭菌纲细菌则与其负相关。变形菌与氮磷和总碳成较强的正相关,所以碳源的增加使变形菌丰度提高。营养水平是影响细菌群落结构的重要因素之一。营养水平越高,α-变形菌比例越高。营养水平低则δ-变形菌比例上升。支流上不同河段的环境因子有明显的空间分布的差异(P<0.05)。这些差异造成了大宁河和香溪河细菌群落结构的空间异质性。