"2011计划"开展以来,以高校为中心的各级各类"2011协同创新中心"陆续成立,但理论上对产学研协同创新的理解仍未有共识,影响了中心的可持续发展。本文以高校"2011协同创新中心"为例,运用新制度经济学的交易费用理论、企业边界理论、契约理论和制度变迁理论,分别对产学研协同创新的本质、协同体的边界、协同体的内部治理机制以及外部制度环境演化和变迁规律尝试作出全新的阐释,从而构建一个全新的产学研协同创新理论分析架构:机会主义倾向、有限理性、信息不对称以及资产专用性,增加了产、学、研各主体之间交易费用。协同创新的本质就是通过制度设计,形成一个组织来替代市场,从而降低市场交易费用;企业边界理论确定了产学研协同创新的内容——协同体的边界;契约理论重新阐释了协同体治理结构——系列契约的优化选择;制度变迁理论则从宏观角度分析了外部制度环境促进产学研协同创新发展的配套制度改革与演化规律。