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本文基于合理性、重要性、可操作性原则,从投入和产出两个角度选取科技评价指标,采用DEA方法中非导向的SBM-Malmquist-Tobit综合模型,对我国2012—2015年29个省级区域科技支出的效率进行了测算和分析。实证结果表明:技术效率低下是导致区域财政科技投入效率低下的主要原因;人才、财政资金投入数量、科研机构规模等也是影响财政科技投入综合效率提升的重要因素;经济发展水平对综合效率提升没有显著性影响。针对实证结果所得出的结论,最后提出了提升财政科技投入效率的对策建议。