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2010年6月29日，《海峡两岸知识产权保护合作协议》和《海峡两岸经济合作框架协议》（EcFA）同日签署。其中两岸植物新品种保护的合作机制为一方农业经营者到另一方申请植物新品种权奠定了法律基础。然而，两岸植物新品种保护制度存在着一定的差异，迫切需要对两岸植物新品种权保护制度进行比较研究，为包括育种者在内的两岸农业经营者避免法律风险和维护自身合法权益提供指南，以及为两岸的深入合作作出研判。