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填海工程对区域生态环境有多方面的影响，需要在新岸线确定时采用综合模型来全面评价各种影响并协调多个目标的需要。本文以深圳湾为例，提出了一种确定海湾填海优化岸线的综合方法。通过分析填海工程的主要影响及控制指标，确立了它们之间的层次关系；利用各种数学模型（如水动力学模型、泥沙模型和水质模型等）定量描述了各种填海岸线方案对应的海湾潮流运动、泥沙冲淤以及污染物迁移规律；根据生态系统与潮流运动和泥沙冲淤的定性关系，间接评价了填海对生态的影响。在此基础上，采用层次分析法确定了各种主要影响及控制指标的权重，通过综合集成模