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【背景】由Alternaria alternata引起的烟草赤星病是烟叶成熟期主要真菌病害,在大田期和烘烤期均会造成严重危害,该病害的发生与叶片内生及叶际真菌群落密切相关。【方法】本文以健康与感赤星病烤后烟叶为研究对象,通过PCR技术扩增真菌18S rRNA转录间隔区的ITS1区,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析赤星病烤后烟叶内生及叶际真菌群落结构与多样性。【结果】链格孢属Alternaria为赤星病烤后烟叶的优势菌属,相对丰度>70%;其次为红酵母属Rhodotorula,相对丰