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提出一种改进的SortMatAlign算法，通过快速排序预处理距离矩阵，使MatAlign算法的时间复杂度由O（N^4）降为O（N^3）。结果表明，SortMatAlign算法计算出的RMSD值平均是MatAlign算法的1.098倍，使用残基个数和RMSD综合衡量标准的。s值平均是MatAlign算法的0.968倍，在同等条件下，运行速度比MatAlign提高18.276倍。