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目前中国农业科技创新能力不足存在较多问题,而作为邻国的日本与中国农业发展中的问题有类似之处,因而其农业科技事业发展的路径有着较大借鉴意义。分析了中国和日本的农业科技创新体系的运行机制,着重与日本的农科创新体制机制、人才培育、资金来源及研发投入等方面进行比较。结果显示,一方面我国农业科技创新存在着资金来源充足、人才培育潜力巨大的比较优势,另一方面,较日本劣势也较为突出,表现在农业科技拉动经济增长作用较低、整体创新能力较弱、成果转化和推广应用水平不够等。