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本研究旨在建立大丽轮枝菌、黑白轮枝菌、立枯丝核菌、串珠镰刀菌、粉红单端孢和尖孢镰刀菌6种棉花主要病原真菌的ITS-RFLP快速鉴定方法。通过ITS序列特征分析，得到了4种可以成功鉴别6种病原菌的限制性内切酶，并制作了标准对比图谱。不同病原真菌的ITS-RFLP的产物大小各异，多态性高，参考标准电子图谱可以准确鉴定其种类。该方法具有快速、准确、经济的特点。