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运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区（mtDNAD-loop）第1高变区序列进行了分析。用CLUSTALX1．81软件进行序列比较，其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点，全部为转换无颠换，序列突变率为5．29％。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型，单倍型多样度（Hd）为0．935，核苷酸多样度（Ⅱ）为0．01479，平均核苷酸差异数（k）为7．541。