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清代著名温病学家吴鞠通深谙五运六气之理,他运用五运六气理论在《温病条辨》中对温病发病诊治等作了全面的论述。本文从运气不同、疫病寒温各异,辨证治疫、注意温凉,岁气君火、易发伏暑,痘本温病、治在求本四个方面对吴鞠通的辨治温病的五运六气思想进行了深入探讨,对现今研究运气对温热性疾病的影响、诊治及全面了解吴鞠通的学术思想具有重要价值和意义。