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基于对传统DEA模型距离函数特征、决策单元异质性及评价结果稳健性等方面的缺陷,构建三阶段Bootstrap EBM方法。利用重庆市合作社调查的随机抽样调查数据,分析了合作社所处的外部环境变量对各类投入值的不同影响,对比分析了基于EBM距离函数的环境变量调整前后评价效率以及Bootstrap EBM调整前后的效率值及其置信区间的差异,并对比分析了不同类型合作社的效率值差异,最后基于更为准确与客观的效率评价值,有针对性地提出准确衡量及提高合作社效率的政策建议。