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肺炎衣原体与诸多慢性临床疾病相关,是否像沙眼衣原体那样存在不同的亚型导致不同的临床疾病,由此引起的肺炎衣原体亚型研究从未间断.已有学者发现世界各地分离的肺炎衣原体菌株抗原性并不一致,而新近的全基因组测序提示在不同菌株之间基因组存在差别.在AR-39基因组中首次发现整合有噬菌体基因,研究初步证明整合有噬菌体基因的肺炎衣原体与血管疾病相关.