探讨长链非编码RNA (lncRNA)在潜伏性结核菌感染中差异性表达。
方法选择2015年1至6月在珠海市慢性病防治中心诊断的潜伏性结核菌感染患者血浆33例(病例组),纳入标准为年龄范围18~40岁,确诊的涂阳肺结核病例密切接触者;胸部影像学检查正常;皮肤结核菌素试验强阳性;6个月后随访未患活动性肺结核。对照组选自同一机构体检科健康人群血浆33名,纳入标准为年龄范围18~40岁,排除肺结核或其他肺部疾病,皮肤结核菌素试验阴性。病例组和对照组各3例用于lncRNA芯片实验,30例用于RT-PCR验证实验。Trizol法抽提总RNA后,利用lncRNA芯片技术进行高通量检测,建立潜伏性结核菌感染者的lncRNA基因表达谱。筛选6个差异表达明显的lncRNA,利用实时定量PCR技术,在30例扩大化样本中进行验证,获得高灵敏度、高特异性的生物标志物。利用基因功能分析、基因通路分析初步分析差异基因的表达功能。数据的正态性检验采用Kolmogorov-Smirov(K-S),正态分布资料两个样本均数比较采用t检验,多个样本均数比较采用单因素方差分析,两样本率的比较用χ2检验。
结果潜伏性结核感染的特异性差异表达lncRNA共1 485个,占所检测lncRNA总数的4.9%,其中上调819个,下调666个。ENST00000566054(t=10.92,P<0.001)、TCONS_00016510(t=2.98,P=0.004)在潜伏性结核菌感染者血浆中表达水平显著上调,NR_034120表达水平显著下调(t=-16.63,P<0.001)。基因功能分析中,上调表达的mRNA中,有382个基因富集于生物学进程、60个基因富集于细胞组件、43个基因富集于分子功能;下调表达的mRNA中,有276个基因富集于生物学进程、55个基因富集于细胞组件、55个基因富集于分子功能;基因通路分析上调的mRNA主要富集于7条生物学途径,下调的mRNA主要富集于7条生物学途径。
结论lncRNA在潜伏性结核菌感染血浆中异常表达,提示lncRNAs参与潜伏性结核菌感染的分子调节过程。(中华检验医学杂志,2016, 39:857-863)