《中华人民共和国药典》规定中药青蒿为菊科植物黄花蒿Artemisia annua L.的干燥地上部分,但中药青蒿药材名与植物学中的青蒿Artemisia carvifolia Buch.-Ham中文名相同,造成长期以来的混淆和学术争议。本文对古代医药文献中涉及药材青蒿的原植物形态、分布、物候等资料进行了梳理,并与植物黄花蒿和青蒿分类特征进行了比较,证实古文献中由于分类学知识的局限,所记载的药材青蒿从形态特征上包括植物黄花蒿和青蒿。但由于植物青蒿资源稀少,而黄花蒿资源量大,且含有截疟功效的青蒿素,故当今学者多将植物黄花蒿作为中药青蒿来源,1985年至2015年版《中华人民共和国药典》对药材青蒿标明来源均为植物黄花蒿。同时,本文结合DNA条形码分子鉴定技术,对植物黄花蒿、青蒿及其易混淆的物种进行了分析。结果认为:黄花蒿和青蒿两个物种从形态、物候和分子方面都能进行明显的区分。