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针对传统DsP＋FPGA设计方案结构复杂、功耗高、体积大、抗干扰性差等问题，应用可编程片上（SOPC）技术建立了多目标实时跟踪系统并提出了基于NIOSII核及其数据链路特征的软件优化方法，对系统采用的迭代投影跟踪算法和通信制导控制算法进行了优化。研究了算法结构优化，链路配置优化，代码优化，自定义指令和C2H技术，并将这些技术应用于多目标跟踪SOPC系统来优化算法结构，减少代码量，去除程序相关性并进行链路层硬件转换，提升软件并行流水性能。实验结果表明，该优化方法可使软件效率提升9～18倍。在图像序列100f