近年来,我国农业生态环境恶化,可利用农业资源紧缺、农产品质量安全等问题日渐凸显,因此发展可持续现代农业产业已经被提上日程。河南省作为发展现代农业的试点改革省份,在发展特色农业模式,优化农业产业结构方面取得了一定成效,但同时存在着制约其进一步健全完善的因素。文章以农业可持续发展为理论基础,从经济效益、社会效益和生态效益等3个方面构建现代农业可持续发展综合效益评价指标体系,并采用主成分分析法评价现代农业可持续发展的综合效益。研究结果表明,经济发展是河南省农业可持续发展的核心;人口问题已成为制约部分城市农业可持续发展的重要因素;生态因子的贡献率最低,是阻碍河南省经济可持续发展的重要因素。据此提出调整产业结构、促进农业经济发展,控制人口增长、提高农民生活水平,保护生态环境、健全生态因子机制等具有针对性的对策建议,为提升现代农业可持续发展综合效益提供理论借鉴。