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江鳕(Lota lota)是鳕形目鱼类中唯一淡水性分布、且具有重要经济价值的冷水性种类,也是研究鱼类温度和盐度生态适应机制的重要材料.基于Illumina Hiseq-2500高通量测序平台对江鳕脑、肾脏和肝脏组织转录组进行测序,质量控制去除raw reads之后分别得到高质量clean reads 22254637、22843364和24168330条,总计20.78 Gb的clean data数据.通过Trinity组装得到106084条unigenes,平均长度为706 bp.采用生物信息学方法与相关数据库比对,得到32745个(30.87％)有功能注释信息的unigenes,其中基因本体数据库(Gene Ontology,GO)功能注释将unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56个分支;蛋白相邻类的聚簇数据库(Cluster of Orthologous Groups of Proteins,COG)功能注释包含了25个功能组分;KEGG代谢通路囊括6大类195小类.本研究通过对转录组测序数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用江鳕功能基因资源提供参考资料.