目的与意义：西瓜的果肉颜色、果皮条纹、果肉苦味是西瓜重要农艺性状，可直接影响消费者的选择。目前关于西瓜性状的QTL有很多，但对这3个性状的定位研究还不是很清晰。尤其是苦味性状，葫芦科（西瓜、甜瓜、苦瓜等）中苦味基因的分子标记和精细图谱的研究较少，相关研究报道较少或没有。因此笔者通过配制杂交组合，通过生物信息设计分析，建立了225株BC1分离株的遗传连锁图谱。通过对西瓜果肉颜色、果皮条纹、果肉苦味相关位点的数据挖掘，获得紧密连接的标记，希望为分子标记辅助育种提供理论依据。
　　材料与方法：以绿皮窄条纹、红色果肉、无苦味的西瓜自交系‘W1-1’（P1）和绿皮宽条纹、白色果肉、具极端苦味的西瓜自交系‘PI 186490’（P2）为亲本配制F1，F1自交配制 F2分离群体，F1与P1回交配制回交群体BC1P1。对BC1P1群体225株单株编号，分别采集嫩叶提取DNA，基于亲本的重测序数据和已发布的西瓜参考基因组数据，构建了1张包含186个CAPS标记、11个连锁群的遗传连锁图谱，该图谱覆盖基因组长度1 468.09 cM。
　　结果与分析：‘W1-1’ （红色果肉）和‘PI186490’（白色果肉）的F1代是黄色果肉（原图1）。在BC1P1群体中分离出四类肉色（红、黄、橙和黄/白混合）。在BC1和F2群体中，不仅亲本的颜色分离，而且出现了亲本中不存在的橙色和黄色，以及所有可能的红、橙、黄和白色的二元混合物。仅以红肉为标准，将种群的肉分为红肉和非红肉两大类，合理简化了肉色性状的复杂表达。表达显性性状（非红色）的个体数为111，表达隐性性状（红色）的个体数为114。通过卡方检验，分离率为1∶1。西瓜的外果皮性状主要有条纹宽度（窄或宽）、条纹颜色、条纹形状和果皮底色。在‘W1-1（窄条纹绿色）×PI186490（宽条纹浅绿色）’的F1中，F1的外果皮条纹与‘PI186490’相似，为宽条纹。F1果皮底色为绿色，说明宽条纹为主，窄条纹次之，绿色果皮为主，浅绿色次之。BC1P1分离率为1∶1，分为宽条纹（114）和窄条纹（111）。从F2的分离结果可以看出，宽条纹由单基因显性基因控制，而窄条纹受单基因显性基因控制，BC1P1数据证实了这一结论。F2和BC1群體的果皮底色分为P1表型、P2表型和中间表型三类，但颜色很难进行分类。在‘W1-1’ （无苦味果肉）和‘PI 186490’（有苦味果肉）的F1中，所有的F1都是苦果。以苦味和非苦味为标准，将BC1群体分为106株苦味植物和119株非苦味植物。对BC1代进行卡方分析，苦味与非苦味的比例为1∶1，表明果肉苦味由一个显性基因控制。将186个CAPS标记分布在11个与西瓜染色体物理位置相对应的连锁组中。最大的一组（2号染色体）有20个标记，全长177.70 cM。11号染色体标记数最少，共有13个标记，全长106.77 cM。11个连锁群总遗传距离为1 404.99 cM，标记间平均距离为7.6 cM。以该连锁图为参照，根据比对结果，大部分CAPS标记几乎均匀分布在11个连锁群中。利用CIM方法分析了研究性状与基因型之间的关系。每个性状只鉴定出一个QTL：果肉颜色（FC4.1））、果皮条纹（RS8.1）和果肉苦味（FB1.1）（原图2）。控制西瓜红色果肉的主效QTL FC4.1，位于4号染色体上的W04-84和W04-94标记之间，LOD值为45.0333，可解释59.0295%的表型变异。该QTL距两侧标记距离分别为1.46 cM和0.37 cM。西瓜果皮条纹在8号染色体上鉴定出一个主效QTL （RS8.1），可解释49.8580%的表型变异，LOD值为32.1197。QTL RS8.1位于CAPS标记W08-180.2和W08-180.1之间，距两侧标记距离分别为1.27、1.04 cM。控制西瓜果肉苦味的主效QTL FB1.1，位于1号染色体上的W01-2和W01-3标记之间，LOD值较高，为95.0931，可解释99.5904%的表型变异，距两侧标记距离为0.93、0.99 cM。
　　结