HIV-1蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟

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【摘要】

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采用新开发的ff12SB力场在NVIDIACUDAGPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100ns的长时间分子动力学模拟，并用MM—PB／GBSA方法计算了活性位点抑制

【作者】

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王加磊孟现美张庆刚张怿慈张少龙

【机构】

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山东师范大学物理与电子科学学院

【出处】

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山东科学

【发表日期】

：

2013年2期

【关键词】

：

HIV-I蛋白酶异位抑制剂 MM-PB/GBSA CUDA AMBER ff12SB力场 HIV-1 protease allosteric inhibito

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采用新开发的ff12SB力场在NVIDIACUDAGPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100ns的长时间分子动力学模拟，并用MM—PB／GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位，有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为-85．78kcal／mol，活性位抑制剂体系中为-79．45kcal／mol。这些结果有助于深入了解HIV-1PR的动力学过程

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