中国高科技创业企业的发展一直备受关注。鉴于创业企业的低存活率以及高科技企业的高投入和高风险等特征,对高科技创业企业的运营效率进行测度和评价具有重要的理论意义和现实意义。综合基本DEA效率评价模型及改进竞争型DEA交叉效率模型,以企业的技术创新、广告投入、品牌价值等若干高科技企业的重要运营指标作为评价指标,对中国不同地区的高科技创业企业的运营效率进行评价,并对各地区非DEA有效的高科技创业企业投入冗余和产出不足情况进行分析。研究结果表明,中国高科技创业企业整体运营效率偏低,不同地区的运营效率存在一定差异;绝大多数高科技创业企业呈规模收益递增,符合创业企业高成长性的特征;各地区高科技创业企业均存在显著的科研投入冗余,且对企业品牌资产重视不足;投入产出结构不合理是造成企业规模效率不高的主要原因。针对这些问题给出相应的政策建议。