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氯霉素是通过与核糖体的50s亚单位结合，而抑制细菌蛋白质的合成，其有较强的毒副作用，如长期应用可导致再生障碍性贫血和粒细胞缺乏症；婴儿长期食用氯霉素污染的乳汁，可能会引起“灰婴综合征”；氯霉素在食用动物中残留，可通过食物链传给人类，对人类的健康造成危害。然而由于氯霉素的抑菌效果好，而且价格相对低廉，目前仍有一些地方对氯霉素在动物中的使用不加限制。