长江流域水资源丰富，水能资源蕴藏量巨大。包括三峡在内的上游梯级水库建设，为长江流域的防洪、航运、发电、供水、灌溉、水生态保护等发挥了重要作用，同时，也产生了一定不利影响。
　　目前，长江流域总体水质良好，但局部污染严重，整体呈恶化趋势。在约8.8万km评价河长中，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类水占83.4%，V、劣V类水占9.6%。局部地区，特别是经济发达、人口稠密地区污染严重，如太湖水系近85%的评价河长水质劣于Ⅲ类。长江湖口以下干流近30%评价河长水质劣于Ⅲ类。水库、湖泊中存在向富营养湖库转化趋势。
　　2013年全年期评价河长59648km。按《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）评价，Ⅰ、Ⅱ类水32141.2km，占53.9%；Ⅲ类水12251.4km，占20.5%；Ⅳ类水5026.9km，占8.4%；Ⅴ类水3321.9km，占5.6%；劣Ⅴ类水6906.6km，占11.6%。总体上，全年期水质劣于Ⅲ类水的河长占总评价河长的25.6%，主要超标项目为氨氮、总磷、五日生化需氧量、化学需氧量和高锰酸盐指数等。各水资源二级区符合或优于Ⅲ类水河长比例由高至低依次为金沙江石鼓以上100%、嘉陵江99.1%、鄱阳湖水系92.2%、洞庭湖水系91.1%、宜宾至宜昌87.0%、汉江77.5%、岷沱江74.5%、宜昌至湖口72.5%、金沙江石鼓以下66.8%、乌江65.8%、湖口以下干流44.2%、太湖水系20.3%。
　　2013年对流域58个主要湖泊进行评价 ，全年期水质符合Ⅰ～Ⅲ类标准的18个，占31.0%。58个湖泊共评价水面面积10792.0km2，符合Ⅰ～Ⅲ类标准的水面面积为2917.1km2，占27.0%；Ⅳ类5861.0km2，占54.3%；Ⅴ类1279.0km2，占11.9%；劣Ⅴ类734.9km2，占6.8%。主要超标项目为总磷、五日生化需氧量和氨氮等。
　　从营养状态看，长江流域轻度富营养湖泊18个，占31.0%；中度富营养湖泊21个，占36.3%；重度富营养湖泊1个，占1.7%。中度富营养湖泊主要为云南滇池，贵州草海，湖北墨水湖、汤逊湖、南湖、瑶湖、沙湖、南太子湖、网湖、大冶湖和武山湖，江西青山湖、艾溪湖、南湖、甘棠湖、白水湖和南门湖，安徽巢湖，江苏滆湖、洮湖和太湖。处于重度富营养状态的湖泊为江西梅湖。
　　2013年对流域225座大中型水库进行评价，全年期水质Ⅰ～Ⅲ类的160座，占71.1%；Ⅳ类34个，占15.1%；Ⅴ类12个，占5.3%；劣Ⅴ类19个，占8.5%。超标项目主要为总磷和五日生化需氧量。
　　从营养状况看，131座水库处于中营养状态，占58.2%；67座水库处于轻度富营养状态，占29.8%；27座水库处于中度富营养状态，占12.0%。
　　库区局部水体富营养化状况加剧。由于水流流速降低，导致水体自净能力下降，加上农业、养殖等面源污染较普遍，库区干支流汇合口或库叉等局部区域水体富营养化状况加剧。
　　此外，还有库区和下游近坝河段局部水汽、气温等气候条件的改变对周围动植物的影响；库区水体对库岸稳定、两岸低洼地浸没和区域地震的影响；大坝泄洪噪音和建筑物振动对周围居民生活的影响；库区淹没后水下有机物厌氧分解释放CO2、移民个体和族群生存与发展的影响；梯级水库群叠加累积影响；个别大坝失事对下游梯级水库及城镇的影响等。
　　（作者为长江勘测规划设计研究院教授级高工）