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自组装DNA计算在解决NP问题，尤其在破译密码系统方面，具有传统计算机无法比拟的优势．文中提出了一种用自组装DNA计算破译NTRU公钥密码系统的方法．针对NTRU密码系统的特点，采用DNA瓦片编码信息，借助于瓦片间的粘性末端进行自组装，给出了求解多项式卷积运算的实现方案．在此基础上，通过引入非确定性的指派瓦片，提出了一种破译NTRU系统的非确定性算法．通过创建数以亿计的参与计算的DNA瓦片，该算法可以并行地测试每个可能的密钥，以高概率地输出正确密钥．该方法最大的优点是充分利用了DNA瓦片具有的海量存储能力