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由于转基因活生物体及其产品对生物多样性、生态环境和人体健康可能产生潜在的有害影响，因此，无论《生物安全议定书》还是《实施卫生与植物卫生措施协定》都在具体内容中考虑了对转基因活生物体及其产品贸易的管理。但两者的目标理念有所不同，前者基于预防原则，后者基于科学依据，造成两者对同一内容的管理出现了矛盾。在世界科技经济愈加一体化的今天，势必需要协调措施以减小这种矛盾对社会进步、技术的发展和国际贸易可能造成的影响。本文即通过对两者的差异及共同点分析，提出协调建议。