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机构运动链同构识别是NP难问题，本文将运动链等价转换为拓扑图，运用图的同构识别原理判断运动链同构。本文高效结合遗传算法和局部搜索算法，并提出伪杂交算子，预杂交的两个体相互根据对方的元素排列信息重新对自身的元素进行排列，而不是实际的交叉，这一算子不但避免了个体中重复元素的出现，而且能够拓展搜索空间，加快收敛；用本算法与一种神经网络算法进行比较，结果证明了本算法的高效性和优越性。