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海峡两岸高等教育合作办学,不仅有助于通过协同创新提升高等教育质量,而且有利于相互借鉴、取长补短以促进各自高教改革与发展。合作办学要重视基于制度移植的组织再造,并以台湾的现代大学制度及其实践为参照,结合大陆高等教育发展需求,从办学理念、大学制度与文化、教学科研及管理制度等方面来推进合作办学的实践。