遵照温家宝总理的重要批示，2008年科技部、发改委、教育部、中国科协四部门共同发布了《关于加强创新方法工作的若干意见》，全面推动创新方法试点工作。作为首批国家科技部创新方法试点院所一一北京市科学技术研究院，近年来，始终以科学发展观为指导，以创新促发展，将科学思维、科学方法与科学工具的创新与突破贯穿于快速发展的全过程。
　　
　　加强科技投入，构建创新平台
　　
　　北京市科学技术研究院是全国最大的地方科研院所，拥有三十个科研机构、100多家高新技术企业。近年来，在科技部和北京市政府的大力支持下，该院紧紧围绕科技创新这个主题，不断加大科研投入，加强创新人才团队建设，推动科技创新成果的产生和推广应用。用于科技条件的投入屡创新高，在信息和微电子技术、公共安全与安全生产技术、环境清洁生产、生命科学技术、新能源技术、精密加工与射线应用技术、软科学与决策咨询、科学普及与知识传播等重点领域形成了多个创新平台，并且与中国科学院北京分院开展深入合作，整合双方17个研究单位和研发力量，共建了6个研究中心。依托这批特色突出、设施完备、技术精良的创新技术平台，自主创新能力和研发水平得到不断提高，为科技创新成果应用和创新方法推广奠定了基础。为推动自主创新工作，该院还重点选择和培育符合创新方法工作总体部署的学科方向和项目，多层面、多途径引入资金，汇聚资源，选择有自主创新和市场前景的优势项目予以支持。建立了院重点攻关项目库、院科技成果库、院合作单位库。
　　
　　推动技术创新，创新成果丰硕
　　
　　几年来，北京市科学技术研究院以技术创新为突破口，自主研发了一批技术创新成果。如：自主研发的“浮置道床隔震钢弹簧产品”打破了国外公司的技术垄断，成功进入地铁4号线工程，确立了行业领先地位；由该院电加工研究所研发的具有完全自主知识产权的B35精密数控电火花成形机床在CCMT2008中国数控机床展览会上荣获代表行业最高水平的“春燕奖”。五轴五联动精密数控电火花成形机床进入大飞机制造工程，精密数控机床相继进入首都机场、中国一航、西航公司等高端市场和军工市场。一批科技成果的产生证实了创新方法的选择是正确的和富于成效的，一批成果的推广应用在首都经济发展重点领域产生了积极的影响。
　　
　　推动科学仪器自主创新与国产科学仪器示范工程
　　
　　科学工具是最重要的科技资源之一，而科学工具的创新是开展科学研究和实现发明创造的必要手段。北京市科學技术研究院以国产科学仪器为突破口，通过应用示范，为全国科学工具创新工作推动做出了贡献。2008年以来，先后投入专项经费近2000多万元，在国产科学仪器性能测试与评价、分析测试方法验证与开发、应用示范中心建设与推广等方面开展了大量工作。为了进一步摸清国产科学仪器现状，明确仪器设备自主创新的重点与任务，鼓励科学仪器自主创新促使其应用的配套政策的出台，北京科学技术研究院组织召开了多次国产科学仪器自主创新与应用体系建设研讨会，并组织开展了国产科学仪器发展现状的调研。以我国“九五”、“十五”、“十一五”期间科学仪器研发成果为基础，从国产科学仪器相关企业、产品、研发机构、标准、专利、应用方法、获奖情况等9个方面构建国产科学仪器应用数据库。
　　为了广泛深入地推动国产科学仪器应用示范工作，该院大力推动国产科学仪器应用示范联盟的组建，发起了建立国产科学仪器应用示范联盟的倡议。2009年，在其所属的北京市理化分析测试中心成立了全国第一个国产科学仪器应用示范中心，建成了面积近1000平方米的展示厅与400多平方米的多功能应用示范实验室。国产科学仪器应用示范网的开发建设正在进行(注册域名WWW.chinainstr.org)。2009上半年，应用示范实验室还完成了我国主要国产离子色谱产品的性能测试与评价。
　　
　　探索股权激励模式，推动创新成果转化
　　
　　2009年3月，国务院做出了关于同意支持中关村科技园区建设国家自主创新和成果推广的政策和措施。该院抓住国家支持中关村科技园区建设国家自主创新示范区的契机，强化技术创新与管理创新相结合，率先投入股权激励改革试点工作。
　　一是加强与北京银行合作，搭建创新资金汇集平台，引导鼓励院属研究所横向联合，投入具有自主知识产权的、具备核心竞争力、有良好市场发展空间的创新型项目，并探索一套完整的返还机制，利用前期的优质项目所获得的资金，带动全院发展。越来越灵活的市场化运行机制、越来越多样的经济和社会调控手段、越来越完善的资金筹措模式，使该院的股份化、市场化和社会化管理模式初步形成。
　　二是通过内引外联、机制创新与院所文化建设为创新方法工作的开展营造了良好环境。该院长期坚持开放办院，大力推进国内合作和国际合作。与中科院北京分院形成深度合作机制，两院合作进行创新团队建设；与北京公用事业科研所、市政工程研究院、电子科技情报所等市属公益科研机构及北大、清华、北工大等院校建立了长期稳定的合作关系；与德国弗劳恩霍夫协会建立了战略合作伙伴关系。该院还注重不断推进管理创新，深化全院体制与机制改革，成为组织首都科技资源的重要工作平台。不断创新科技项目形成的知识产权使用方式，鼓励项目承担单位和科研人员享有的知识产权进行经营，探索有效的利益激励机制；不断加强和谐文化建设，创造科研工作者的体验式工作环境，不断提高广大科技人员的福利待遇，为全院的科技创新提供了坚实的保障。
　　
　　明确方向，在有特色和优势的重点领域加强集成
　　
　　作为地方科研院所，要不断提升自身的自主创新能力，充分发挥在区域创新发展中的科技支撑作用，就必须要明确自主创新的方向，在有特色和优势的重点领域上加强集成，综合使用先进的创新方法，攻克一批关键技术，显著提高解决区域经济社会重大科技问题的能力。为此，北京市科学技术研究院紧紧抓住五个重点环节，不断激发创新潜力，全面推动创新方法工作。
　　一是以科研人员与科研管理人员为重点，大力开展创新方法的学习与培训，遵循“需求导向、学用结合”，促进各类科技人员和管理人员掌握有效的科学思维、方法和工具，增强创新素质与技能；积极开展创新方法的相关理论与实践研究，在科技部有关部门指导下，采取多种形式普及创新方法。将科学知识的普及与科学技术的普及相结合，将科技成果的推广与科学方法的推广相结合，大力推进创新方法在全社会的推广，使该院成为北京市创新方法推广的重要基地。
　　二是以解决政府面临的难点、热点和重点问题为目标，为首都城市管理、公共服务、政府的科学决策、市场监管和城市可持续发展提供有力的科技支撑和创新方法支持，在公共安全、食品安全、安全生产、环境治理等领域攻克一批关键技术。
　　三是全面开展国产科学仪器性能评价工作，建立科学仪器设备质量评价标准和方法体系，开展国产仪器性能评价和应用方法研究，促进用户等各方面正确认识、评价我国自主知识产权的科学仪器设备，最终实现我国已有开发的科学仪器设备成果得到广泛应用，增强我国科学仪器设备的自我装备能力。全面推动应用示范联盟的工作。
　　四是强化机制创新、管理创新的良好氛围，努力培养和造就一批通晓创新方法的科技骨干，建设一批具有自主创新能力的专业研发队伍。通过创新方法试点工作的开展，全面提升自主创新和科技服务能力。
　　五是按照建设创新型科研院的目标，依托现有的重点实验室和研究中心，充分利用高等院校和中央在京科研院所优势，探索创新资源整合机制，建立开放、流动、竞争、协作的运行机制，促进院所之间、院所与高等院校之间创新资源的集成与整合，加强科技条件平台建设和技术研发支撑条件建设，提高创新方法服务能力。